По своему жанру (антиутопия) роман не мог кончиться оптимистически. Его задача внушить читателю страх. Наш герой был обречен, безнадежен с самого начала, потому что он так привязан к математической модели и так хочет, чтобы она оказалась правильной.

Кроме того, Д свою позитивную функцию исполнил: дал О ребенка и помог ей бежать. Как маленький Петька в «Белой гвардии» был единственным наследником, который может быть когда-нибудь изменит мир, потому что он единственный, кто счастлив и невинен сегодня, так и будущий ребенок Д и О — единственная оптимистическая нота в этом романе. 

Таким образом идея семьи оказалась не полностью разрушенной: Д согласился на ребенка, О рискнула жизнью ради ребенка, и ребенок будет жить. Сам Д, по объяснению I, немного необычен в этом мире потому, что у него «застенная»
наследственность: это тоже признание существования семьи.

Почему Замятин написал эту книгу в жанре редкой тогда научной фантастики?
Среди других причин, ему нужна была дистанция, удаление от современного ему мира. Искусство всегда использует дистанцию в том или ином виде.

Для русской литературы характерно представление о женщине как о существе, лучше приспособленном для создания уютного, приемлимого, дружелюбного мира (такова здесь О, такова же была роль Елены в «Белой гвардии», Ольги и вдовы Пшенициной в «Обломове», Татьяны в «Евгении Онегине» и многих других женских образов). Но здесь есть другая героиня, I — более смелая и решительная, чем Д. Она разрушительница, она ничего не создает. Она чуть не свела с ума нашего героя и готова уничтожить все Единое Государство (направив на него жерло Интеграла). И нее нет позитивной программы, она бунтарь. Но она необычный революционер: она знает, что за этой революцией последует другая. Большинство революционеров уверены, что их революция решит все проблемы.

(Марксистская теория «перманентной революции» гласит, что пролетариат должен «… сделать революцию непрерывной до тех пор, пока все имущие классы не будут устранены от господства, пока пролетариат не завоюет государственной власти», т.е. что по достижении своей цели революционое движение остановится.)

Интересно, что I остается загадкой до самого конца. Даже когда ее пытали под колоколом, она ничего не сказала, не произнесла ожидаемой страстной речи, которая бы ее полностью объяснила. У нее есть мечта, но нет стратегии, она импульсивный революционер, она импровизатор. Если бы удалось разрушить Единое Государство, у нее не было бы никакой роли в будущем мире.

В последней части романа упоминается христианский Бог. И Благодетель высказывает идею, которой не было никогда раньше в русской литературе и которая как будто ни с чем не связана в этой книге: что палачи Иисуса еще большие страдальцы, чем сам Иисус. У них нет выбора, они вынуждены играть свою роль, и потом не будут даже вознаграждены за свои мучения.
Благодетель также обвиняет христианского Бога в том, что  он допустил страдания людей, в том числе и грешников («христианский Бог, сжигающий грешников на медленном огне»). Он, Благодетель, лучше, чем христианский Бог.

Ира на прошлом занятии сказала, что Д напоминает ей Раскольникова.
Теперь мы видим, что Замятин тоже это имел в виду: в главе, где Д чуть не убил Ю, он думает: «убить как-то грязно, древне, размозжить чем-то голову». Позже он пишет «громко дыша, ни  на  секунду  не  спуская  глаз с  этого  места  на голове». Если вспомнить, что Раскольникова тоже мучила проблема арифметической справедливости: можно ли пожертвовать одной жизнью, чтобы спасти тысячу?», то ассоциация очень понятна.